La Villa se asienta sobre las ruínas de una iglesia que en la Edad Media controlaba la carretera comercial que unía Pisa, Volterra y Siena. Los primeros documentos a este propósito remontan al año 855, y nos cuenta que la iglesia - propiedad de la diócesis de Lucca - tenía mucha importancia por su conspicuo patrimonio (inclusivo de 14 iglesias sufragáneas).
En el 1300 la iglesia perdió gran parte de su valor en consecuencia de guerras comunales que hacían peligrosos los rezos en una iglesia de campo: las poblaciones preferían las iglesias de los castillos fortificados, y así en el 1466 la iglesia de Santa Maria a Suvigliana suspendió sus funciones. En el 1575 el Obispo de Lucca ordenó la restauración dandole otro nombre: San Marco a Suvigliana. En el 1622 fue suprimido el beneficio en favor de la Catedral de San Miniato y la iglesia fue reducida a simple oratorio. A la mitad del 1700 occurrieron hundimientos en la nave izquierda, cuyas basas hoy han salido a luz. En il 1819 el Obispo Pietro Fazzi ordenó de profanar el oratorio y de construir la quinta episcopal como su residencia: la Villa se quedó así propiedad de la prebenda episcopal de San Miniato hasta los primeros años del 900, cuando fue comprada por el Prof. Rachah y transformada - después de la Segunda Guerra Mondial - en Escuela de Agronomía por los jovenes Judíos destinados a los Kibbutzes de Israel. En el 1992 el complejo ha sido comprado por la Sociedad San Marco, que permite a los visitantes de sentir la seducción del medievo gracias a enormes trabajos de restauración y a la reorganización de jardines y parques.